Przyczyny zaburzeń miesiączkowania są bardzo różne. Najczęściej wiążą się z trybem życia:
przemęczeniem, podróżą, stresem, dużym wysiłkiem, infekcją czy restrykcyjną dietą odchudzającą.
Odpowiadać za nie mogą także problemy z endometrium, wady wrodzone i zmiany anatomiczne w
obrębie narządu rodnego, takie jak mięśniaki lub polipy macicy, zrosty wewnątrzmaciczne, przerosty błony śluzowej
macicy, a także rak macicy. Czasowe zaburzenia miesiączkowania mogą wystąpić przy zakażaniach narządu rodnego.
Problemy mogą wywoływać również zaburzenia układu krzepnięcia czy schorzenia endokrynologiczne,
takie jak zespół policystycznych jajników, choroby tarczycy, endometrioza, cukrzyca, choroby nerek, epilepsja.
Najczęstszą przyczyną fizjologiczną braku miesiączki jest ciąża lub menopauza. Do rzadkich
przyczyn zaburzeń miesiączkowania należą choroby uwarunkowane genetycznie związane z anomalią liczby chromosomów.
Nie bez znaczenia są stany po leczeniu operacyjnym w obrębie macicy czy jajników, stan po
radioterapii w obrębie miednicy mniejszej, stosowanie leków przeciwdepresyjnych, przeciwpadaczkowych.